Kompleks Islam Putrajaya mula dibina pada Oktober 2011 di Presint 3, Putrajaya. Pembinaannya siap sepenuhnya pada Julai 2016 dan mula beroperasi pada 1 Disember 2016. Blok pejabat yang dinamakan sebagai Kompleks Islam Putrajaya dibina oleh TH Properties di atas tapak yang berkeluasan 2.21 hektar. Kompleks Islam Putrajaya yang bermotifkan seni bina Islam moden terdiri daripada empat blok iaitu Blok A, B, C dan D. Kompleks ini menempatkan sembilan agensi agama di bawah portfolio Hal Ehwal Agama, Jabatan Perdana Menteri. Blok A, C dan D dihubungkan dengan jejantas yang berada di tingkat dua di setiap blok. Bangunan ini juga mempunyai auditorium bawah tanah dan mampu menampung kira-kira 773 orang[1].